《電子技術(shù)應(yīng)用》
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基于K-均值聚類的神經(jīng)切片圖像功能束類型識別研究
來源:微型機與應(yīng)用2012年第3期
胡智魁1,唐 平1,張 毅2,陳松齡2,唐 鋮1
(1.廣東工業(yè)大學(xué) 自動化學(xué)院,廣東 廣州 510006;2.中山大學(xué) 附屬第一醫(yī)院,廣東 廣州 5
摘要: 針對周圍神經(jīng)物理切片圖像中不同類型的神經(jīng)功能束染色后顯示出的特異性,提出了一種基于K-均值聚類的神經(jīng)切片染色圖像中神經(jīng)功能束類型識別的方法。首先通過特征分析與提取決定以灰度均值μ和方差σ2作為紋理特征,然后運用本文算法對神經(jīng)切片染色圖像中的不同類型神經(jīng)功能束進行聚類和識別。通過在人體周圍神經(jīng)組織切片圖像上的實驗證明,該算法能對神經(jīng)切片染色圖像中的神經(jīng)功能束類型進行有效分類識別。
Abstract:
Key words :

摘  要: 針對周圍神經(jīng)物理切片圖像中不同類型的神經(jīng)功能束染色后顯示出的特異性,提出了一種基于K-均值聚類神經(jīng)切片染色圖像中神經(jīng)功能束類型識別的方法。首先通過特征分析與提取決定以灰度均值μ和方差σ2作為紋理特征,然后運用本文算法對神經(jīng)切片染色圖像中的不同類型神經(jīng)功能束進行聚類和識別。通過在人體周圍神經(jīng)組織切片圖像上的實驗證明,該算法能對神經(jīng)切片染色圖像中的神經(jīng)功能束類型進行有效分類識別。
關(guān)鍵詞: 功能束識別;K-均值聚類;神經(jīng)切片染色圖像

 數(shù)字圖像處理在第三代計算機問世后開始迅速發(fā)展,目前,它已經(jīng)成為工程學(xué)、計算機科學(xué)、信息科學(xué)、統(tǒng)計學(xué)、物理、化學(xué)、生物學(xué)、醫(yī)學(xué)甚至社會科學(xué)等領(lǐng)域中各學(xué)科學(xué)習(xí)和研究的對象。數(shù)字圖像處理是一門與國計民生緊密相連的應(yīng)用科學(xué),已給人類帶來了巨大的經(jīng)濟和社會效益,在不久的將來它不僅在理論上會有更深入的發(fā)展,在應(yīng)用上亦會是科學(xué)研究、社會生產(chǎn)乃至人類生活中不可缺少的強有力工具[1]。數(shù)字圖像處理的飛速發(fā)展提供了平面圖像三維重建的可能。因此,結(jié)合數(shù)字圖像處理技術(shù)、解剖學(xué)技術(shù)以及組織學(xué)技術(shù),通過對平面圖像進行三維重建,可以實現(xiàn)直觀而全面地顯示周圍神經(jīng)內(nèi)部功能束空間立體走行規(guī)律,從而有望成為提高周圍神經(jīng)損傷后治療效果的重要途徑。
 神經(jīng)的三維可視化技術(shù)主要由切片序列圖像配準(zhǔn)、神經(jīng)切片染色圖像邊緣提取、神經(jīng)內(nèi)部功能束類型識別和神經(jīng)內(nèi)部功能束三維重建等步驟組成。其中,功能束類型的識別是三維可視化的重點和難點,其效果的好壞是最終三維可視化效果的決定因素之一。
 目前國內(nèi)外針對內(nèi)部功能束類型識別方面的研究主要集中在根據(jù)功能束區(qū)域受染色程度的不同導(dǎo)致的圖像灰度值的不同來判斷。神經(jīng)功能束類型識別比較先進的方法就是采用顯微喇曼光譜技術(shù)對周圍神經(jīng)束進行特異結(jié)構(gòu)的研究和分析,獲得神經(jīng)內(nèi)部運動功能束和感覺功能束的特異性,這種特異性在組織中是恒定的,但喇曼光譜的識別還基本都是采用人工方式進行的,尚無有關(guān)自動識別的文獻(xiàn),有待更深一步的研究[2]。由于現(xiàn)有的醫(yī)學(xué)三維重建軟件Amira[3]或者Mimics[4]僅能識別灰度對比強烈的數(shù)據(jù),而周圍神經(jīng)乙酰膽堿酯酶染色的不同類型功能束灰度對比度較低,因此目前的醫(yī)學(xué)圖像三維重建軟件還不能基于染色結(jié)果對不同類型的功能束進行準(zhǔn)確的自動識別,需要人工主觀地一張一張地區(qū)分功能束,并且需在高質(zhì)量的切片條件下完成,工作量很大,大大降低了工作效率。利用計算機圖像圖形技術(shù)實現(xiàn)其內(nèi)部功能束的三維重建,可實現(xiàn)對周圍神經(jīng)功能束的定性分析和精確定位,做到相同類型的神經(jīng)功能束組準(zhǔn)確對接,提高神經(jīng)修復(fù)的效果。
本文旨在對周圍神經(jīng)功能束類型自動識別方面進行一定的探索和研究,首先通過對圖像進行預(yù)處理使其方便后期處理,接著通過特征分析與提取決定以灰度均值μ和方差σ2作為識別神經(jīng)功能束類型的評價參量,然后基于K-均值聚類算法實現(xiàn)對醫(yī)學(xué)神經(jīng)切片染色圖像不同神經(jīng)功能束類型的自動識別,進而大大降低功能束識別的工作量,提高工作效率,為進一步的醫(yī)學(xué)圖像三維重建提供條件基礎(chǔ)。
1 特征提取與分析
 醫(yī)學(xué)圖像內(nèi)容屬性大多直接采用低層的圖像特征描述,如顏色特征、紋理特征、形狀特征等。提取出有效的醫(yī)學(xué)圖像數(shù)據(jù)特征決定著圖像識別的成敗。
由于神經(jīng)圖像中神經(jīng)功能束的形狀沒有一定的特征規(guī)律,同類型的神經(jīng)功能束可以是各種不同的形狀,因此不把形狀特征作為評價參量。而不同類型的神經(jīng)功能束之間的顏色特征差異度太小,也不能用來作為有效的評價參量。因此紋理特征的選擇將會直接影響到后期的識別結(jié)果。
有很多描述紋理的參量,本文基于圖像的灰度直方圖的以下紋理特征進行計算:
?。?)均值。它反映的是一幅圖像的平均灰度值。


 雖然傳統(tǒng)的K-均值是一個極其高效的聚類算法,但是它也存在著各種問題:(1)K-均值算法只能保證能收斂到某個解決方案,而不能保證能找到定位聚類中心的最佳方案;(2)K-均值算法無法指出應(yīng)該使用多少個類別,在同一個數(shù)據(jù)集中,選擇不同的類別數(shù),必將導(dǎo)致結(jié)果輸出的不同,甚至有可能不合理。在K-均值中,每個聚類中心擁有它的數(shù)據(jù)點,計算這些點的方差,最好的聚類結(jié)果是在不引起太大的復(fù)雜度的情況下使方差達(dá)到最小。
 針對以上兩個問題,本文采用如下解決方法。
?。?)中心點最小方差法
因為每次運行K-均值聚類算法時的中心點是隨機選取的,所以每次初始的聚類中心點都不一樣,通過多運行幾次K-均值,得到幾個不同的聚類結(jié)果,然后從中選擇方差最小的那個結(jié)果。
?。?)類別數(shù)增量設(shè)置法
 首先將類別數(shù)設(shè)為1,然后根據(jù)聚類效果重新修正,可以在原先規(guī)定的類別數(shù)的基礎(chǔ)上加1或減1[7],每次聚類的時候使用前面提到的中心點最小方差法。一般情況下,總方差會很快下降,直到到達(dá)一個拐點,這意味著再加一個新的聚類中心不會顯著地減少總方差。在拐點處停止,保存此時的類別數(shù)。
 以lena圖像為例加以說明。圖2(a)為原始圖像灰度圖。圖2(b)為類別數(shù)設(shè)為1的效果圖,此時的中心點的像素值為60;由于效果不好,因此把類別數(shù)提高到2,效果明顯好于類別數(shù)為1時的效果,如圖2(c)所示,此時兩個中心點的像素值分別為60、180;繼續(xù)增加類別數(shù)到3,此時的聚類中心點像素值分別為60、100、180,效果如圖2(d)所示,聚類效果基本實現(xiàn)。具體算法實現(xiàn)流程圖如圖3所示。


3 實驗結(jié)果與分析

 


 對本文算法在Matlab7.1平臺下進行程序?qū)崿F(xiàn),在操作系統(tǒng)為Windows XP SP3、處理器為AMD Athlon(tm) 64 X2 Dual的環(huán)境下運行。實驗結(jié)果如圖4~圖10所示。由于不同性質(zhì)功能類型的神經(jīng)功能束在經(jīng)過乙酰膽堿酯酶組化法及HE染色法等單獨染色和組合套染的受染的程度是不同的,如運動型神經(jīng)功能束與感覺型神經(jīng)功能束的受染程度就是有明顯差別,從圖5中的灰度直方圖中也可以清晰地看到這一點,而這一點也是醫(yī)生人工判別功能束類型的一個重要依據(jù),因此采用基于像素點的空間位置和灰度值對圖像進行聚類。對神經(jīng)切片染色圖像進行聚類處理,可以非常直觀地看出,通過設(shè)置不同的灰度通道可以識別功能束的類型,并與醫(yī)生通過肉眼人工判別的神經(jīng)切片中功能束類型進行比照??偣?43張的人體周圍神經(jīng)切片染色圖像全部由某醫(yī)院提供,運用本文算法可以成功地進行神經(jīng)功能束自動識別的圖片有217張,成功率為63.2%。

 通過多次運行K-均值算法發(fā)現(xiàn),最佳聚類數(shù)為3,圖像背景作為一類,運動型功能束作為一類,感覺型功能束作為一類,這與圖10所示的人工識別的神經(jīng)切片圖像結(jié)果一致。聚類完成后得到3個聚類中心的灰度值,基于這3個灰度值劃分3個灰度范圍并把這3個灰度范圍的像素點的灰度值歸一化。以聚類后灰度直方圖(如圖7所示)對比原始圖像灰度直方圖(如圖5所示)為例,聚類完成后3個聚類中心點的灰度值分別為95.4、143.9、175.6,把灰度值在(0,95.4)范圍內(nèi)的像素點的灰度值統(tǒng)一設(shè)置為10,同時,這一類像素點將被設(shè)置為一類;范圍在(95.4,143.9)內(nèi)的像素點的灰度值設(shè)置為138,同時這些像素點被設(shè)置為另一類;范圍在(143.9,255]內(nèi)的像素點的灰度值設(shè)置為245,這一類是背景區(qū)域。原則上設(shè)置的灰度數(shù)據(jù)對比應(yīng)該越強烈越好。
 造成部分圖像不能成功自動進行聚類識別的原因是:(1)神經(jīng)切片染色圖像過于復(fù)雜,難以提取到更多作為識別功能束類型的有效特征;(2)部分圖片受染效果不好;(3)圖片制備過程中形成的不可避免的人工操作誤差,造成計算機難以自動識別功能束類型,只有通過醫(yī)生的經(jīng)驗進行人工判斷。
因為K-均值聚類算法是一種貪心算法,貪心算法并不一定能得到全局最優(yōu)解,往往會陷入局部最優(yōu),而且K-均值聚類算法對初始化的類別數(shù)K和初始聚類中心具有很大的敏感性,所以本文采用多次運行K均值得到多個聚類結(jié)果,選擇方差最小的那個結(jié)果的方法進行改進。如何改進算法中存在的以上問題以提高算法的效率,以及如何從醫(yī)學(xué)圖像中提取到更多能描繪圖像信息的特征從而得到最佳識別效果,將是下一步亟待解決的問題。
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